Fin du XVII ème siècle existait au village de Bellefontaine, une petite chapelle.
En 1776 elle est démolie, les matériaux sont cédés à la commune qui érige une église.
En 1819 l'agrandissement de l'église est décidé par délibération communale.

En 1820 elle sera rebâtie et les travaux réceptionnés définitivement en 1828.
En 1876 la sacristie sera reconstruite et agrandie.
Bâtiment : Le clocher-porche est un moyen appareil, couvert d'un toit à l'impériale. Trois de ses faces sont protégées par un essentage de tôles, comme le côté sud-ouest de la nef, du chœur et de la sacristie.
Le chœur et la sacristie dans son prolongement sont couverts d'une croupe polygonale. Le gros œuvre est réalisé en calcaire et pierre de taille.
Cloches : Au nombre de quatre, les trois premières sont fondues à Morteau aux noms de Marie Magdeleine, Marie Catherine et Françoise-Gabrielle. Elles seront bénies en 1837 par l'évêque. La quatrième est fondue par Brenel en 1809.
Mobilier : Le 3 janvier 1819, un marché est conclu entre François-Ignace Besand, maître sculpteur, doreur à Salins, et les habitants de Bellefontaine pour : un tabernacle tournant, six chandeliers, un tableau de St Renobert, un tableau de la Vierge et l'Enfant.
Il lui est également commandé de marbrer à l'huile et au vernis les petits autels et retables des petites chapelles.
La verrière de la baie 4 est signée Höner père et fils de Nancy.
L'église contient 3 statues : une Vierge à l'enfant du XVIII ème, un Christ et une Vierge de l'Immaculée Conception du XIX ème.
Patron Saint Renobert :
Une statue du XVII ème siècle taillée dans un bois fruitier polychrome d'auteur inconnu.
Un tableau représentant Saint Renobert daté de 1850 et signé par Vandel de St Claude.