L'église Sainte-Marie de Saint-Hymetière est une église monastique romane située dans le sud-ouest du département du Jura, en Franche-Comté. L'église est située sur le territoire de la commune de Saint-Hymetière, dans le sud de la Petite montagne. À 1 km à l'ouest, se trouve la vallée de la Valouse, profonde de plus de 100 m. Située à une altitude de plus 440 m, l'église est nichée sur une terrasse de dépôts glaciaires au fond d'une vallée large de plus 3 km et surplombée par des montagnes culminant à plus de 600-800 m d'altitude. L'église est placée à la bordure ouest du village de Saint-Hymetière ; elle est située à 3 km au sud du village d'Arinthod, à 9 km au sud-est de Saint-Julien, à 13 km au nord-ouest d'Oyonnax et à 35 km au sud de Lons-le-Saunier    
 Les origines du site de l'église de Saint-Hymetière sont très mal connues. D'après la tradition locale, un moine nommé Hymeretius vivant à Condat (l'actuelle Saint-Claude) quitta l'abbaye de la ville au Ve-VIe siècle pour se rendre dans la vallée de la Valouse, encore déserte et peu fertile, probablement dans le but de propager la foi chrétienne dans cette région. Dans cette vallée, il fonda un ermitage à l'emplacement de l'actuelle église, autour duquel furent construites des habitations qui formèrent le village de Saint-Hymetière. Hymeretius décéda en ce même lieu et fut rapidement honoré comme un saint en raison des vertus qu'il avait exprimé. Ses restes furent déposés dans une chapelle qui fut transformée en église le siècle suivant. Des sondages archéologiques, effectués en 1986 et en 2010 lors d'opérations de rénovation de l'église, ont permis de découvrir autour de l'édifice une trentaine de sépultures datant d'une période s'étalant du VIe siècle à la fin du Moyen Âge. Il semblerai que l'occupation du site commence durant la période romano-burgonde; l'architecture imposante des sépultures les plus anciennes laissent penser à la présence d'un bâtiment religieux à cette époque qui serait à mettre en relation avec l’hypothétique tombe de Saint-Hymetière. La datation au radiocarbone réalisée sur les ossements d'une de ces tombes confirme un enfouissement qui aurait été réalisé entre 544 et 646 après J.-C.